明朝吏部郎中顾宪成等人修复宋代杨时讲学的东林书院，与高攀龙、钱一本等讲学其中。

东林讲学之际，正值明末社会矛盾日趋激化之时。东林人士讽议朝政、评论官吏，他们要求廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪纵枉法。

反对派将东林书院讲学及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称之为“东林党”。

意大利传教士利玛窦和中国科学家李之藻合作，以西方地图为蓝本，充分利用中国当时的各种地理资料，包括《大明一统志》《广舆图》等明代地图，绘成《坤舆万国全图》，以木版刻印出版。

努尔哈赤改革牛录制，把手下精壮（25—40岁的人）编成黄、白、红、蓝四旗（镶黄等四旗要到万历四十三年，即1615年才建立），旗人基本上是“以旗统兵”“兵民合一”，出则为兵，入则为民。

播州之役，杨应龙自杀

经阎大经请奏推荐，皇帝下旨，派遣高淮率领阎大经等人出关开矿征税，并且亲赐“福阳店”几个大字。

高淮拿到皇帝题字后，立马打出“奉谕旨征收国助”的大旗，在山海关设卡：要从此路过，留下买路财。

高淮原来是在京城崇文门“收费站”混了个包税的工作。

崇文门是大明重要的过路费征收点，万历朝每年收各色银子达68929两之多。

第二十九世土司杨应龙起兵

十九日，紫禁城内火光滔天。起因不明的大火，从金水桥西侧的熙和门骤然腾起，蔓延至皇城中央的皇极、中级、建极三大殿。这场皇城大火，席卷了半个紫禁城。除了三大殿全部被付之一炬外，皇极门（今太和门）及其两侧的掖门全部焚毁，群臣早朝广场两侧的文昭武成二阁，连着廊房一起被烧成了灰烬，“自掖门内，直抵乾清宫门，一望荒凉”。只有午门因为隔了条金水河，才幸免于难。

《本草纲目》在南京书商胡承龙的“金陵版”刊刻成功（史称“金陵本”），首批出版500套。

同年十一月，李时珍次子李建元带着这部巨著进京面圣。他同时向朝廷上递了一份言辞恳切的奏折——《进呈本草纲目疏》，在奏疏中详细陈述了父亲“历三十年，稿凡三易”的艰辛。

明神宗朱翊钧（万历皇帝）在查阅了李建元进呈的《本草纲目》与奏疏后，于十一月十八日正式下达了御批圣旨。

圣旨原文极为简明，仅十个字：“书留览，礼部知道，钦此。”

李建元在奏疏中原本恳求朝廷“或行医院重修”，即希望国家太医院能出资重新精校并由官方刻印发行。但皇帝的批复中，“书留览”代表该书被正式收入大明内府（皇家内廷），而“礼部知道”仅是一个知会主管官员的程序性回复，朝廷最终并未拨款进行官方重印。

尽管未能实现“国家出版”，但万历皇帝的这道圣旨成为了《本草纲目》最强有力的“官方背书”与“通行证”。有了这层皇家认可的权威性，配合“金陵本”的问世，该书的声望迅速传开。七年之后（万历三十一年，1603年），江西巡抚夏良心等人出资主导了更大规模的重刻（史称“江西本”），自此，《本草纲目》真正插上了翅膀，广泛“流传天下”并远播海外。

日本第二次入侵朝鲜

河南饥荒，万历皇帝有意为郑贵妃（郑氏专宠受廷臣抨击）造势，命京中五品以上官员捐俸薪，与贵妃捐助赈银一并发出。

叶赫部贝勒布寨、纳林布禄，又纠合哈达贝勒孟格布禄、乌拉贝勒满太之弟布占泰，辉发贝勒拜音达里，科尔沁贝勒瓮珂代，锡伯、瓜尔佳、朱舍里、纳殷，组成九部联军，共3万人马，分三路进犯建州。努尔哈赤精心准备应战，于古勒山之战中俘获叶赫首领布占泰，缴获战马之千余匹，并灭了纳殷、朱舍里二部。

古勒山之战，是统一女真诸部的转折点，不仅保卫了建州，而且从此建州“军威大震，远迩慑服矣”。

明朝政府援朝

努尔哈赤兼并长白山的鸭绿江部。至此，努尔哈赤统辖区域，西起抚顺，东至鸭绿江，北接开原，南连清河，建州女真的大部分被统一了。

经过十年的苦苦等待与人脉运作，73岁的李时珍终于在江苏太仓拜访到了文坛盟主王世贞。王世贞在翻阅书稿后大为震撼，王世贞欣然提笔正式为《本草纲目》写下著名的序言《本草纲目序》（也就是后来历代版本卷首的那篇序言）。他在序中惊叹此书为“实性理之精微，格物之通典，帝王之秘箓，臣民之重宝也”。

序言大约正月十五元宵节前后写就，但序言落款时间为“万历十八年岁庚寅春正月元旦”（即1590年2月4日，农历正月初一）。

同年，有了王世贞这篇重磅序言的“商业背书”，金陵（南京）书商胡承龙终于看到了这部书的潜力和价值，拍板决定正式开始为《本草纲目》刻版。

同年王世贞病逝，这篇序言成了绝笔之一。

二十八日半夜，戚继光突然发病，家里人求他嘱托后事，他已经一句话也说不出来。鸡叫三遍，天色将明的时候，这位老将军最后闭上了眼睛，与世长辞了。终年61岁。

朱常洵诞生

其生母郑氏晋为皇贵妃

张居正的长子、礼部主事张敬修（时年33岁）在抄家过程中，遭到了丘橓等人的严刑拷打（史载甚至动用了“拶指”等酷刑），逼迫他交出所谓的“隐匿赃款”（要求追缴两百万两白银）。张敬修不堪这种身心折磨与莫须有的屈辱，在十二日写下一封字字血泪的《绝命书》（向当时的朝廷重臣申时行、张四维发出绝望的控诉）之后，悲愤自缢身亡。

其三弟张懋修当时也悲愤交加，一度投井、绝食求死，但被救起，后与二哥张嗣修等人被发配充军边疆。

建州右卫古埒城主阿台骚扰辽东，举兵反明。

明朝驻辽将军李成梁派兵镇压阿台部，任用觉昌安和塔克世（觉昌安之子，努尔哈赤之父）为向导。

阿台之妻是觉昌安长子礼敦的女儿（清太祖努尔哈赤的堂姐）

明军在攻打阿台时，听信建州女真苏克苏浒河部图伦城主尼堪外兰挑拨，李成梁纵兵屠古勒城，觉昌安和塔克世一同惨死于乱军之中。

努尔哈赤（25岁）满怀忿恨返回故里，明朝赐给他攻打阿台时的三十道敕书和十三副铠甲，并允许他承袭建州左卫指挥使的职衔。

是役觉昌安和塔克世被杀，努尔哈赤以此责问明朝边吏：“我祖、父何故被害？汝等乃我不共戴天之仇也！汝何为辞？”明使道歉说：“非有意也，误耳！”此即后来努尔哈赤起兵伐明之著名的七大恨中的第一大恨。

二十日，58岁的内阁首辅张居正长期积劳成疾后，于北京病逝。一条鞭法终止。

最初，万历皇帝（明神宗）为其辍朝，赠上柱国，谥号“文忠”。此时的表面上，张家依然保有极高的哀荣与尊崇。

张居正发布一条鞭法：田赋、徭役、杂税合一；按亩征银。

废除了唐后期以来沿用已久的两税法。

初九，经过长期的辟谷（现代医学推断为严重的营养不良与器官衰竭），年仅23岁（虚岁）的王焘贞预言了自己离世的日子。

重阳节这一天，在太仓弇山园附近，超过十万的江南民众、僧尼道士以及朝廷显贵前来围观。

王焘贞在法座上端坐，面带微笑，当众平静离世，完成了她所谓的“白日飞升”。

王焘贞逝世后不久，悲痛且狂热的王世贞作为其“大弟子”，立即动笔为其撰写了长篇传记《昙阳大师传》，将其事迹彻底神化。

《昙阳大师传》收录于其《弇州山人四部稿》卷七十八中，这篇传记洋洋洒洒，极其详尽地记录了王焘贞的生平、梦境、降神语录以及两人之间的论道对答。

一个学富五车、名满天下的五旬文坛领袖，对一个二十多岁的少女顶礼膜拜，这不仅是王世贞个人的迷信，更是晚明社会信仰危机的缩影。当时的江南士大夫在残酷的政治斗争（如严嵩、张居正时期的党争）中备受摧残，普遍陷入精神虚无，急需寻找超越世俗的灵魂寄托。王焘贞“首辅之女”的尊贵出身、“贞节烈女”的道德制高点，再加上她超凡脱俗的聪慧与宗教神秘感，完美击中了晚明文人内心深处对于“圣洁”与“仙道”的极致幻想。

李时珍带着《本草纲目》初稿来到太仓直塘拜访王世贞，其造访的时间点非常凑巧，恰逢昙阳子预言自己“羽化飞升”的日子（即万历八年重阳节）。当日，10万余人（包括王世贞、王锡爵等名士官员）齐聚太仓围观，22岁的昙阳子在众目睽睽之下“坐化”（实为绝食或服毒等方式自杀）。李时珍是顶级大夫，且在《本草纲目》中多次痛斥道教炼丹服石成仙的荒谬，自然对此种怪力乱神的“仙身脱壳”嗤之以鼻。

面对“不合时宜”的李时珍，沉浸在“仙师飞升”狂热中的王世贞一时无心看稿，也未能立刻作序。但他确实留客并写下了一首七言律诗。这首诗的完整原名极具纪实性，叫做：《蕲州李先生见访之夕即仙师上升时也寻出所校定本草求叙戏赠之》（意思就是：李先生造访的那天晚上刚好是仙师飞升之时，他拿出本草纲目求序，我写了这首诗开玩笑地送给他）。

李叟维肖直塘树，便睹仙真跨龙去。

却出青囊肘后书，似求玄晏先生序。

华阳真逸欲临仙，误注本草迟十年。

何如但附贤郎舄，羊角横抟上九天。

（“维肖”实为“维稍”（系舟停泊之意），“玄晏”是借指晋代医学家皇甫谧。这首诗一方面调侃李时珍来得不是时候，一方面也笑称修《本草》这种苦差事不如交给儿子，自己赶紧升仙算了。）

李时珍再次到南京联系刻印书稿。

当年九月，李时珍亲赴太仓，拜访当时的文坛领袖王世贞，恳求其为《本草纲目》作序以助出版。

为了让巨著得以刊行，李时珍亲自前往黄州、武昌、南京等地洽谈刻印书稿事宜；

同年，因其长子李建中的官职，李时珍获朝廷敕封为文林郎、四川蓬溪知县。