桓玄叛晋，又称东晋桓玄叛乱，是由荆州刺史桓玄联合镇将王恭、殷仲堪等人发动的军事叛乱事件。该事件因宗室司马道子专权引起。

长江中游地区为桓玄所割据，下游的京口和江北地区为北府将领刘牢之控制。东晋朝廷实际控制的区域，只剩下江南一隅，导致东晋朝廷仅能控制江南地区，百姓赋税和兵役沉重，终引发了元兴元年(402年)孙恩、卢循起事。割据江荆的桓玄利用孙恩起事期间，建康防务空虚之机，攻占都城建康，次年自立为帝改国号为楚。不久，北府将领刘裕随后率军击败桓玄势力，晋安帝得以复位，叛乱结束